1942年1月，吴石任国民党军政部主任参谋兼部长办公室主任，1946年任国防部史政局局长。1948年春夏之间通过吴仲禧介绍参加“民联”，投身革命阵线，直接受何遂(新中国成立后任华东军政委员会司法部长)领导，单线联系。1948年，吴石任福州绥靖公署副主任，1949年元旦前后，吴石频繁地往来于福州、广州两地，多次潜往香港与李济深策划起义。
1948年，中共中央社会部在福州设置工作站，并派遣谢筱迺(新中国成立后任中共中央党史资料征委会副主任)到福州领导福州站情报工作。中共中央社会部秘密电台设在中共地下党员蔡训忠家中，开辟了联系中共中央、华东局的空中秘密通道。按党的指示，吴石通过何遂与谢筱接上了关系，单线联系。吴石向谢筱迺提供了不少重要军事情报，使得解放大军南下福建进军顺利。他们的工作成绩得到中央和华东局的高度肯定。
1949年8月14日，吴石将军突接台湾来的急电，电文中，蒋介石命令其即日携眷赴台。迫于形势，吴石只能服从。吴石去台湾之前与吴仲禧见了最后一面。吴仲禧后来在回忆录中写道:“他告诉我，福建绥靖公署使命已经结束，他已被调任国民党国防部次长，要到台湾去任职。我曾请他考虑，到台湾去是否有把握，如果不去，也可以就此留下，转赴解放区。
他坚决表示，自己的决心已经下得太晚了，为人民做的事太少了。现在既然还有机会，个人风险算不了什么。他接着说，为了避免嫌疑，他的夫人王碧奎和两个小儿女也要去台湾。留下大儿子韶成、大女儿兰成在大陆，虽已作了安排，还请我在必要时给予照顾……”赴台前，中共华东局给他的代号是“密使一号”。赴台后，他很快升任“国防部参谋次长”，被授予中将军衔。
朱枫在台湾期间，6次与吴石将军秘密会晤，又陆续送回一些重要军事情报。就在她按照上级的秘密指示准备返回大陆之际，1950年2月2日，与朱枫联系的“老郑”被捕，供出了她。台湾当局当即封锁了台湾所有出岛的空中、海上航线。危急关头，吴石将军冒险为朱枫签发《特别通行证》，送她乘机飞往国民党还占领的舟山。可是，“老郑”不仅供出朱枫，还供出吴石。蒋介石震怒了，下令逮捕吴石将军，并在其寓所搜出他亲笔签发给朱枫前往舟山《特别通行证》的有关书面材料。
这样，台湾当局不但摸清了失踪多日的朱枫去向，也拿到了吴石“叛逆罪”的重要证据。于是吴石被捕，朱枫被国民党军警从舟山抓回台湾。受该案牵连的人有:吴石的妻子王碧奎，老部下、某长官公署总务处交际科长聂曦上校，前“联勤总部”第四兵站总监陈宝仓中将，某公署主管人事的中校参谋方克华，某处主管补给的参谋江爱训，吴石的副官王正均等人。在多次劝降未果的情况下，吴石、朱枫、陈宝仓、聂曦等人被台湾特别军事法庭判处死刑。
